嵩祝寺建于清雍正十一年（1733年），為第二世章嘉胡圖克圖在京的駐地�？滴跞辏�1697年）命第一代章嘉居多倫匯宗寺,四十五年封灌頂法師，掌管漠南黃教（即藏傳佛教格魯派），雍正時又令他掌管內蒙、京師、盛京、五臺山、甘肅等地黃教寺院。從第二世章嘉開始，歷代呼圖克圖（活佛）均以嵩祝寺為主要駐地。
據《日下舊聞考》卷二十九載：“法淵寺在嵩祝寺東，智珠寺在嵩祝寺西”，“明番經廠、漢經廠今為嵩祝、法淵三寺”；《京師坊巷志稿》卷三載：嵩祝寺東有法淵寺，西有智珠寺。又東為三廠遺址；明置番、漢經廠，道經廠于此”。但據乾隆十五年《京城全圖》所繪，嵩祝寺之東為番經廠、漢經廠兩組大型建筑，而嵩祝寺與兩經廠之間并無可容法淵寺之地，應是將兩經廠改建為法淵寺，《京師坊巷志稿》的記載不夠精確。
嵩祝寺坐北朝南，建筑規模較大，分三路。主要殿宇集中在中路，東路為寮房、配房、佛堂、經堂等，西路主要為喇嘛住宅。中路從山門到后樓共五層殿宇。山門三間，進深五檁，為大式硬山筒瓦大脊，頂上帶吻獸、垂獸，一斗二升斗栱，內為徹上明造。鐘鼓樓上檐為歇山筒瓦調大脊，帶吻獸、垂獸，一斗三升斗栱，四周有帶廊欄桿，下檐為筒瓦箍頭脊，上下層角梁懸鈴，繪旋子彩畫。天王殿三間，進深五檁，為大式硬山筒瓦大脊，內為徹上明造；殿兩側有紅墻，墻頂為筒瓦大脊，上有吻獸，兩邊各開一門通里院。里院正殿五間，帶廊，大式硬山筒瓦大脊，檐下一斗二升斗栱，帶云頭雀替，明間有匾為“妙明宗鏡”。對面有一木結構磚制懸山筒瓦箍頭脊建筑,上帶吻獸垂獸,據說是明燈的地方。寶座殿五間，大式硬山筒瓦大脊，有吻獸、垂獸及旋子彩畫，左右各有三間耳房；殿前有出廈三間，廈為大式懸山筒瓦箍頭脊，帶吻獸及垂獸。殿后有藏經樓七間，二層，硬山筒瓦大脊，上帶垂、吻獸，上層為格扇門窗，有坐凳欄桿，內為井口天花。從該寺往東可通法淵寺。
今嵩祝寺山門、鐘鼓樓及前殿已拆，其他主要殿宇尚存，寺原址拆除部分已建成樓房。法淵寺只存北部少量房屋，主體已全部拆除，建造了樓房。
